Využívání mediace mohou často ovlivňovat související náklady. Bezplatná mediace, dostupná v některých členských státech, přístup k mediaci samozřejmě usnadňuje. Totéž platí i v případech, kdy mohou být náklady na mediaci hrazeny prostřednictvím systému právní pomoci.
Jsou-li však stranám účtovány poplatky počínaje prvním informačním setkáním, je pro ně obzvlášť důležité, aby byly náklady na každou mediaci transparentní. V praxi lze této transparentnosti dosáhnout tak, že odměny mediátorů předem stanoví právní předpisy či soudci anebo že budou tyto poplatky uvedeny v rámci smlouvy o mediaci uzavírané před jejím zahájením mezi mediátorem a stranami sporu. Strany by navíc měly mít přístup k sazebníku příslušných poplatků.
Bližší informace o nákladech na mediaci v členských státech lze získat na stránce Mediace v členských státech.